Os Departamentos são órgãos de caráter operacional, de assessoramento, com atribuições de implementar programas, projetos, planos, atividades e tarefas, deliberados na estrutura organizacional da FEEES ou demandados pelas Instituições Adesas, observadas as disposições estatutárias e os seus regimentos.

Em sua atual gestão, a Feees conta com os seguintes departamentos e dirigentes: